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按照美國衛生部的應急預案，全美1400家社區醫療中間（community health center）仍將運營。這些診所為2700萬低支出生齒供給防備醫療、牙科和其他根本醫療效勞。不外，有大批聯邦贊助的醫學研討項目、方案和一些醫療機構會即刻就會遭到聯邦當局“關門”影響。好比國立衛生研討所臨床中間（NIH Clinical Center）承受聯邦贊助，展開臨床研討。曾經到場臨床研討的病人將會持續承受照護，可是聯邦當局“關門”時期不會再招募新的到場者。因為一些病人因通例療法有效才到場臨床研討，臨床研討也是他們想捉住的“最初一根拯救稻草”，因而聯邦當局“關門”或將招致一些病人沒法參與臨床研討而喪命，并且“關門”工夫越長，影響越明顯。用于間接病人醫護的大部門聯邦資金系專項撥款，不受***、共和兩黨在財務預算方案擺設上的不合爭論影響，因而美國大眾醫療保險中的兩大基石—Medicare和Medicaid，險些不會遭到影響。假如聯邦當局“關門”工夫短，Medicare受害人仍將遭到保險保證，并且Medicare仍將處置醫療機構的報銷付出。不外一旦“關門”工夫拖長，相干的查對將會延緩。并且，估計Medicaid的參保人數和對醫療機構的報銷付出都不會因當局“關門”而削減，別的兜攬新參保職員由各州賣力，因而這方面也不會遭到影響。因為“非必須崗亭職員”“被休假”，聯邦當局在突發大眾衛生危急應對上也會反響變慢。雖然針對美國十余年來最嚴峻的流感季的告急呼應會不受滋擾地連續下去，可是有關新疾病發作的聯邦查詢拜訪，在當局“關門”時期將會較著變得緩慢。

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